Canal-U

Mon compte

4.3. Quantifier la similarité de deux séquences


Bordeaux Blend Pull Pull Blend Chiné 20706617 nq6IfB
Copier le code pour partager la vidéo :
<div style="position:relative;padding-bottom:56.25%;padding-top:10px;height:0;overflow:hidden;"><iframe src="https://www.canal-u.tv/video/inria/embed.1/4_3_quantifier_la_similarite_de_deux_sequences.24696?width=100%&amp;height=100%" style="position:absolute;top:0;left:0;width:100%;height: 100%;" width="550" height="306" frameborder="0" allowfullscreen scrolling="no"></iframe></div> Si vous souhaitez partager une séquence, indiquez le début de celle-ci , et copiez le code : h m s Canada Sports Expedition Homme Goose Parka Goose Bw7UqSzKBx
Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
Imperméable Jeans 60 Gj800901 Garcia Femme Manteau Noir UPqnaxHa

Producteur Canal-U :
Olaf Les Sandales La Miel M Par Tropeziennes Redoute BelarbiInria
Redoute Olaf Par M Miel Belarbi Les La Sandales Tropeziennes

4.3. Quantifier la similarité de deux séquences

Le principe est donc de rechercher, dans les bases de données, des séquences similaires à celles que nous sommes en train d'étudier. Nous faisons aussi l'hypothèse que plus les séquences sont similaires, meilleure est la pertinence de l'information attachée à la séquence retrouvée dans la base de données.
Nous allons donc chercher un moyen de quantifier le niveau de similarité entre 2 séquences. Le premier moyen très simple, c'est d'utiliser la distance dite de Hamming. De quoi s'agit-il ? Très simple, en effet. Prenez ces 2 séquences ici. Vous pouvez très rapidement à l'oeil voir qu'elles diffèrent par 2 substitutions, 2 différences, ça va être la distance de Hamming. De même, cette paire ici, 3 substitutions, distance de Hamming, 3.
Est-ce une distance véritablement au sens mathématique du terme ? Je vous rappelle les 3 propriétés qu'une distance mathématique doit satisfaire : la distance d'une séquence à elle-même doit être nulle, ce qui est le cas, puisqu'il n'y a pas de différence entre les 2, pas de substitution ni quoi que ce soit, distance 0. La distance entre une séquence et une seconde séquence doit être la même qu'entre la seconde et la première. Bien entendu, le nombre de différences reste le même. Et la 3ème qui est dite l'inégalité qui doit être effectivement vérifiée elle aussi, ce que l'on peut faire assez facilement en prenant quelques exemples. C'est donc bien une distance au sens mathématique...

Vêtements Millen® Karen Achetez Jusqu''à −42 Stylight WB0waRq
 
 
RECHENMANN Francois
Caterpillar En Brandalley Mid Cuir Boots Brun Glenrock pwp1F

Ingénieur et Docteur-Ingénieur en informatique, François Rechenmann est chercheur au centre Inria Grenoble – Rhône-Alpes. Il y exerce ses activités à l’interface de l’informatique et des sciences du vivant en contribuant plus particulièrement au développement de méthodes et de logiciels pour l’analyse des séquences génomiques des microorganismes. Cofondateur de la société Genostar, qui propose des solutions bioinformatiques aux industries pharmaceutiques, agroalimentaires et biotechnologiques, il en est le conseiller scientifique. Très impliqué dans les actions de médiation scientifique, François Rechenmann est le responsable scientifique du site Interstices dont l’objectif est d’expliquer l’informatique en tant que domaine de recherche.003 Classic 902801 Cortez Gris Baskets Homme Se Nike 5SYwTRq


 
PARMENTELAT Thierry

Thierry Parmentelat a mené une carrière hybride entre les mondes académique et industriel. Ses centres d'intérêt couvrent les langages de programmation, les réseaux, et l'algèbre. Actuellement ingénieur de recherche chez Inria, Thierry Parmentelat utilise Python depuis plus de 10 ans pour ses travaux de recherche, ainsi que pour le développement des plateformes expérimentales dont il a la charge.


Adidas Laceless France Chaussure Ultraboost Blanc 1CaBBv

commentaires


Ajouter un commentaire Lire les commentaires
*Les champs suivis d’un astérisque sont obligatoires.
Aucun commentaire sur cette vidéo pour le moment (les commentaires font l’objet d’une modération)
Par Tropeziennes Miel Redoute Les Sandales M Belarbi Olaf La
 

Dans la même collection

Design À Talon Chelsea Reside Noir Bottines Pointure Asos Large 7dqwRnBa7x
 
D450701 Flexx Space Shoes Shut Heeled Wedge Black The x7Pq4PI